二楼中医药文化展示馆布展主题是“长河浩渺”。该区域以建国前后为节点进行时间划分，主要采用图片和文字资料展示扬州中医药文史资料。扬州地区中医药文化源流，可以一直追溯一千多年前的三国时期。汉代名医华佗的当家弟子吴普就来自扬州。隋炀帝下令编撰的我国第一部论述病因和症候的中医学专著《诸病源候论》成于扬州，唐代全国著名的药材集散地是扬州，第一位把中医药传到日本去的唐代高僧鉴真仍然出自扬州，宋元时期岐黄名家遍及扬州四野八乡，明清、民国中医世家世代沿袭蔚成气候。
二楼布展区域主要分为三个部分
第一部分主要展示汉代至建国前扬州地区中医药萌芽、成长、成熟、繁荣的历史过程。以时间为展示脉络，分为东汉一魏晋一南北朝、隋唐一宋元、明清一民国三个时段，分别展示不同历史时期扬州地区中医药发展的时代背景、重大事件、著名医家和重要论述。
第二部分主要展示建国后扬州地区中医药事业在党和政府的关心支持下学术思想进一步弘扬，中医药人才继往开来的辉煌胜景。重点介绍扬州中医事业从坚守门派、私人行医，到公开祖传秘方、纷纷加入国家主办的中医药机构传统观念和模式的变革。例如：扬州内科“然“字门、骨科“春“字门、推拿“丁”字门、妇科“曾“字门等门派传人在党和国家的号召下，运用专业技能更好地为广大人民群众服务等等。
二层西端的展柜主要配合文字内容展示中国古代在基础理论、临床治疗、中药方剂等方面具有代表性的典籍等等。二层大理石浮雕讲述的是《三国演义》中华佗“刮骨疗毒“的故事场景。
